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Hola Alberto.

MyISAM e InnoDB son motores de almacenamiento en bases de datos MySQL, es decir, son la parte del gestor de la base de datos que se encarga del almacenamiento, gestión y recuperación de las tablas de la base de datos.

• InnoDB tiene bloqueo de nivel de fila . MyISAM solo tiene bloqueo completo a nivel de tabla.
• InnoDB tiene lo que se denomina integridad referencial, que implica admitir  claves externas (RDBMS) y restricciones de relación, MyISAM no (DMBS).
• InnoDB admite transacciones , lo que significa que puede confirmar y revertir. MyISAM no lo hace.
• InnoDB es más confiable ya que utiliza registros de transacciones para la recuperación automática. MyISAM no lo hace.

La mayoría de los plugins incluso las últimas versiones de WordPress utilizan InnoDB, si accedes a la base de datos que estás utilizando verás que la mayoría de las tablas son de tipo InnoDB

Puedes convertir MyISAM a InnoDB pero antes de realizar ese cambio te aconsejo que descargues una copia de la base de datos.

Un Saludo