Hola,
La factura, tal como te había comentado en otro tema que habías abierto, se genera con los archivos jomres/templates/jquery_ui/frontend/guest_conf_email.html y jomres/templates/jquery_ui/frontend/frontend_view_invoice.html.
Estos colores que se muestran se estarían cargando a partir de estilos CSS, por lo que entiendo que lo que estás mostrando en la captura de pantalla no es lo que se recibe por mail.
En cualquier caso, sería en estos archivos donde tendrías que aplicar los cambios para modificar colores.