Hola,
Esta forma de tomar y organizar los contenidos de Google se hace de forma automática de forma que no se le puede indicar cuál es el menú principal.
Una opción que podrías probar es utilizar la herramienta de webmasters de Google y enviarle el mapa web, de forma que el primer lugar salga el menú principal para ver si así lo entiende como tal.
Para generar el mapa web puede usar el componente Xmap. Si no lo tienes instalado ya lo puedes descargar desde el siguiente enlace:
http://extensions.joomla.org/extensions/structure-a-navigation/site-map/3066