como utilizar bien rel canonical  

Analizando aspectos seo de mi pagina he encontrado los siguientes avisos:
"El enlace canónico no se encuentra" y
"Los motores de búsqueda consideran sus https://www.xxxx.com y https://www.xxxx.com/index.html (o https://www.xxxx.com/index.php) como diferentes páginas".
A continuación he revisado algunas respuestas que habéis dado sobre la colocación de dicha etiqueta y esto me ha llevado a instalar un modulo que recomendais Faktiva SEO ToolKit.
He comprobado que ahora si aparece y he visto que ha detectado como preferida www.xxxx.com/es y me ha entrado la duda de si está bien configurada.
En mi caso hasta ahora tenia el dominio.com que redirigia a dominio.com/es y también tenia un segundo idioma habilitado. Ahora he querido bloquear provisionalmente el segundo idioma pues no tengo las traducciones completadas y tengo la duda de que url poner como preferida, ¿la com o la com/es? y en segundo lugar ¿como hago para indicar a google que .com y index.html o index.php no son las mismas paginas?. Con respecto a esta última ¿como puedo confirmar que lo que tengo habilitado es index.html?Contenido solo visible a usuarios registrados