errores 404 instalación paralela  

Hola,

Entiendo que no quieres que los buscadores indexen el contenido de esa web de pruebas que tienes instalado en el subdirectorio.

En tal caso, la mejor opción sería que protegieras el acceso a ese directorio con una contraseña .htaccess, de forma que solo se pueda acceder a él poniendo un usuario y contraseña. Esto lo puedes hacer usando la opción Directorios con protección de contraseña que encontrarás en tu CPanel.

Si no quieres usar esta opción puedes crear un archivo robots.txt en la raíz de tu web principal (directorio public_html) con el siguiente código:

User-agent: *
Disallow: /prueba/

donde "prueba" sería el nombre del directorio de la web de pruebas.

Además, si esta web de pruebas es un WordPress puedes ir en su administración a Ajustes->Lectura y marcar la casilla Visibilidad para los buscadores para evitar que los buscadores la rastreen.

Hola
He utilizado la última opción Ajustes lectura quitar visibilidad en buscadores. Sin embargo me da errores (no se encuentra) en webmasters tools de Google.
Supongo que esto es perjudicial para el SEO?
Debo de esperar más tiempo para que google deje de indexar la página?
Saludos

Hola,

Ten en cuenta que como Google ya te había rastreado la web los resultados de ese directorio prueba se seguirán mostrando, al menos hasta que el robot de Google vuelva a rastrear la web y vea que esta está configurada para no ser rastreada.

No existe un plazo de tiempo para que ocurra esto. Podría ser días o semanas.