Hola Jose Miguel,
Tienes información al respecto en:
http://wordpress.org/support/topic/reset-order-number
http://wordpress.org/support/topic/reset-number
Saludos
Jordi
Aqui esta la soluccion
Para obtener los números de pedido de nuevo a "1" Tiene que eliminar primero todas las órdenes existentes (nota que esto es un proceso de dos pasos de la primera de enviarlos a la papelera, y luego borrarlos de forma permanente de la papelera). Después de que usted es libre de establecer el número de orden de salida a lo que usted quiere de WooCommerce> Configuración
Muchas Gracias