Hola
Esto sucede por que en la raiz de tu sitio web no hay archivos, debes haber movido o eliminado archivos accidentalmente.
Lo más rápido sería que deshagas los cambios o que recuperes una copia de seguridad de tu sitio.
Revisa el siguiente enlace para restaurar archivos, directorios, emails o cuenta completa fácilmente desde tu panel de control cPanel:
https://guias.webempresa.com/preguntas-frecuentes/gestionar-copias-seguridad-superbackup/
Saludos.