A través de ruralvia no llegan emails  

¿Te envía Joomla otros tipos de email? Al crear usuarios, etc.... Puede que tu problema sea la configuración del correo y no los módulos de pago.

Sí, el joomla envía todo tipo de emails incluso el de pago con cuenta bancaria, pero falla en paypal y ruralvia, solo en esos.

¿Y te cambia los estados de los pedidos?

Puede ser que no te esté llegando la notificación ni de paypal ni de rurlavia y en realidad no se esté finalizando el pedido.

¿Están accesibles las urls de notificación desde internet?Si tienes la instalación en local, en modo manteniemiento o protegidas con contraseña no pueden llegar las notificaciones.

Si, me cambia el estado, el pago se efectúa correctamente, solo que no llega el email desde virtuemart.

OK, entonces el problema es que no se envía el mail desde tu VirtueMart, no?

Revisa en la configuración global como tienes configurados los parámetros de envío de mail. revisa si tienes "función PHP" o SMTP.

A que dirección deberían de llegarte las notificaciones e mail?? Podría ser también un problema de ruteo del mail que se solucionaría desde cPanel >> Entrada de MX >> Agente de transporte de correo remoto.

Prueba y nos dices.

Saludos!