Hola Ignacio,
Creo que tendrías que modificar nombre y slug a cada una de tus paginas existentes que tambien se incluyan en la otra plantilla para evitar que estas se sobreescriban (las paginas), lo mismo con los menús por ejemplo. Lo mas práctico sería crear un Snapshot con el plugin de WP Reset -> wp-reset, supongamos que vas a instalar un tema, creas el snapshot del sitio de Wordpress actual, instalas el nuevo tema, no te gustó, entonces haces un reset a tu instalación de Wordpress y después recuperas tu WordPress a través del Snapshot.
Recuerda siempre eliminar los temas de WordPress como se explica acá -> como-desinstalar-temas-wordpress-correctamente.html
Saludos 🙂