Hola Lourdes,
Verifica si el siguiente código CSS te permite configurar las cantidades de forma correcta
.woocommerce div.product .cart .quantity {
padding-bottom: 0px !important;
}
Veo que se estaba deformando porque se está aplicando un padding de 30 px lo que ocasiona que los botones se compacten de forma incorrecta
Un Saludo