Ventana Emergente  

Hola Gimena,

Con respecto a popup maker al momento de crear el popup tendras un menu en la parte inferior del editor alli vas a seleccionar objetivos y luego lo siguiente:

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de esta forma el funcionamiento es como lo indica en la guia que esta justo arriba de estas opciones donde especifica que si le activas el signo de (!) es para que el popup no se vea en esta página, es decir te permite seleccionar las páginas donde no deseas que el popup se visualice

Por otra parte el aviso que mencionas directamente desde apariencias puedes modificar que solamente se vea en momentos que estes haciendo algo con la tienda (carrito, catalogo, productos, etc) para ello debes ingresar el siguiente código:

function my_hide_notice() {
if( function_exists('is_woocommerce') ) {
remove_action( 'wp_footer', 'woocommerce_demo_store' );
if( is_woocommerce() || is_cart() || is_checkout() ) { 
add_action( 'wp_footer', 'woocommerce_demo_store' ); 
} 
} 
} 
add_action( 'wp', 'my_hide_notice' );

Este debe ser ingresado en tu Cpanel → administrador de archivos → public_html → tu dominio → wp-content →themes → tu tema → una vez dentro de tu tema veras un archivo llamado functions.php, aca es donde debes ingresar el código que te comento al final del todo.

nos comentas si con esto lograste modificar la activación del popup maker en solo algunas páginas internas 

PD: recuerda hacer una copia de seguridad antes de hacer cualquier cambio a archivos dentro de tu cpanel

Saludos