¡Hola!
¿Has comprobado que el tema que has instalado es compatible con la versión de tu Prestashop? Prueba a desactivarlo, y si en ese caso la opción vuelve, puede ser debido a que efectivamente no es compatible o que el propia tema gestiona de otra forma el cambio del logo de la portada.
No obstante ¿has probado a actualizar el tema y/o Prestashop? También puede ser que al instalarlo alguna extensión entre en conflicto.
¿Has probado a tirar un Stephan desde el área de clientes por si te devuelve algún tipo de error? ¿Has probado a verificar si el error_log del sitio dice algo en concreto? Para ello tendrás que acceder vía cPanel (midominio.com/cpanel) > Archivos > Administrador de archivos. Buscas la carpeta public_html y allí, te lo encontrarás.
No olvides antes de actualizar y/o hacer cambios realizar una copia de seguridad a todos tus datos por lo que pudiera pasar. Si no sabes cómo hacerlo, te aconsejamos leer el siguiente artículo:
- https://www.webempresa.com/blog/copias-de-seguridad-desde-el-panel-de-hosting-cpanel.html
Quedamos pendiente a tu colaboración.
Saludos