Hola,
Entiendo que quieres eliminar todos los directorios que te aparecen y dejar solo el que esta seleccionado, es decir el del tema.
Estos directorios, no influyen en la funcionalidad de su tienda, y puede ser algo delicado borrarlos. No es recomendable eliminarlos, pero si lo desea tendría que eliminar dichas carpetas que aparecen desde cualquier gestor de contenidos (administrador de archivos, ftp...). Antes de eliminar nada te recomiendo hacer antes una previa copia de seguridad.
Saludos