cambiar color de fondo del main bottom y de header  

Hola,

Para el header en el fichero CSS personalizado tendrías que insertar el siguiente código:

#rt-header .rt-container {
  background: #ccc!important;
}

Mientras que para el main bottom:

.rt-grid-12 {
  background: #ccc;
}

Perfecto.
Solo una cosa, al haber cambiado el color del main botom, por algun motivo me ha cambiado al mismo color la parte del copyright que tenia en azul.

asi es como estaba antes_

Y asi es como queda ahora añadiendo el código:
.rt-grid-12 {
background: #ccc;
}

Yo lo que quiero es que la parte del footer- copyright permanezca en azul, mientras el resto (main bottom) quede gris.
El codigo que tenia para la parte del copyright es:
#rt-copyright .rt-container {
background: #2e434e;
color: #fff;
}

Gracias de antemano

Hola,

Puedes probar a eliminar:

.rt-grid-12 {
  background: #ccc;
}

Y agrega el código:

#rt-showcase .rt-container, #rt-feature .rt-container, #rt-utility .rt-container, #rt-maintop .rt-container, #rt-main, #rt-content-top, #rt-mainbottom .rt-container, #rt-extension .rt-container, #rt-bottom .rt-container {
  background: #ccc;
}