Jooma 2.5.6 + Xmap 2.2.1  

Joomla 2.5.6
Akeeba Backup Core 3.6.3 (2012-08-24)

Hola Javier,

Puedes probar una cosa que a mi siempre me funciona.

Desinstala AKeeba Backup 3.6.3 e instala Akeeba Backup 3.4.3 y prueba nuevamente a realizar la copia.

Akeeba con algunas extensiones suele generar conflicto y es bueno desinstalarlo, realizar la tarea en cuestión con Xmap (instalar, configurar, etc). y posteriormente instalar Akeeba nuevamente.

- Akeeba Backup 3.4.3: https://www.akeebabackup.com/download/akeeba-backup/akeeba-backup-3-4-3.html

Saludos

He probado a desinstalar todos lo que no es de Joomla, he instalado la versión 4.3 de Akeeba backup, y hace lo mismo. Pagina de inicio con error 500 (aunque el admin si que funciona)
He probado a subir la web mediante FTP y a restaurar la bbdd manualmente y hace lo mismo. Estoy empezando a descartar Akeeba Backup como el causante del problema.

En localhost me funciona todo correctamente (en windows con xampp, en Linux con Lampp no funciona). ¿ podría ser algún paramentro en el configuration.php erroneo?

Hola Javier

Es posible que se deba a algún archivo o archivos escrito incorrectamente , los sistemas linux diferencias las mayúsculas de las minúsculas.

Otra cosa que podría suceder es los permisos errados de las carpetas o archivos, deben ser para carpetas 755 y para archivos 644.

Saludos.

Los permisos están correctos, los he vuelto a comprobar. Los nombres de archivos son tal cual los suministra Joomla, no he tocado nada.
No se, tendré que volver a empezar de 0, montaré de nuevo Joomla, volveré a crear los menus, volveré a traspasar virtuemart y jdownloadas y ya más adelante os cuento.
Saludos.

Al final he montado todo desde 0 y lo tengo solucionado. No se que ha podido pasar pero ya esta solucionado. También tengo dominado ya el tema de xmap y virtuemart, para que me indexe todo sin el /component/virtuemart, segun vuestras indicaciones.
Saluidos